Единоличным исполнительным органом образовательной организации является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации.
Коллегиальными органами управления в школе являются:
1. Педагогический совет.
2. Общее собрание работников.
3. Совет учреждения.
Положение о Педагогическом совете.
МБУДО «ДМШ № 2 г. Рубцовска» может иметь в своей структуре отделения, обеспечивающие осуществление образовательной деятельности с учетом уровня, вида и направленности реализуемых образовательных программ, формы обучения и режима пребывания обучающихся. Отделение – объединение преподавателей одной или нескольких родственных учебных дисциплин.
В школе существуют следующие отделения: фортепианное, народных инструментов, струнных инструментов, вокально-теоретическое и художественное.
Место нахождения структурных подразделений: в МБУДО "ДМШ № 2 г. Рубцовска"

Положение о структурных подразделениях
Руководители структурных подразделений:
Сергеева Татьяна Александровна
Заведующая фортепианным отделением
Преподаватель высшей квалификационной категории
Морозкина Татьяна Васильевна
Заведующая отделением народных инструментов
Преподаватель высшей квалификационной категории
Малюшкина Татьяна Анатольевна
Заведующая отделением струнных инструментов
Преподаватель высшей квалификационной категории
Шокарева Елена Алексеевна
Заведующая вокально-теоретическим отделением
Преподаватель первой квалификационной категории
Беккер Лилия Дмитриевна
Заведующая художественным отделением
Преподаватель высшей квалификационной категории